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Künstliche Nisthöhlen für Fledermäuse sind sinnvoll weil sie verloren gegangene Quartiere ersetzen. Manchmal kann man erst mittels dieser Kästen den Fledermausbestand in Waldgebieten sichtbar machen. Die Kästen gibt es in unterschiedlicher Ausführung und von verschiedenen Herstellern. Es gibt Flachkästen, die von spaltenbewohnenden Fledermausarten aufgesucht werden und, durch ihre Öffnung nach unten, selbstreinigend sind. Rundkästen ahmen Baumhöhlen nach; haben an der Front eine Einflugöffnung und müssen regelmäßig gereinigt werden. Die Reinigung der Kästen sollte spätestens im Herbst (September/Oktober) vor dem Winterschlaf durchgeführt werden um eine Störung der schlafenden Tiere zu vermeiden.
Es gibt Fledermauskästen, die insbesondere wegen ihrer dicken Wandstärke als Winterquartierersatz eingesetzt werden. Das Prinzip ist, dass die Tiere in großer Anzahl als Kolonie überwintern und sich aneinander gekuschelt vor dem Erfrieren schützen. Zum Teil nehmen die Tiere im Winter auch noch Quartierwechsel vor. Eine Nutzung einfacher Sommer-Fledermauskästen ist bei milder Witterung auch möglich. Es gibt immer wieder Bewegung im Quartier: Die Fledermäuse werden manchmal wach, sei es durch eine milde Witterung oder Parasiten.
Im Chemnitzer Raum wurde ein neuer Fall von Fledermauswanzen (Cimex pipistrelli) im Überwinterungskasten festgestellt. Man kennt das Vorkommen dieser Parasiten aus größeren Kolonien von Mausohren (Myotis myotis) und Abendseglern (Nyctalus noctula). In einigen Fällen muss man die Wanzen bekämpfen um Schäden vorzubeugen.
Bei der Kontrolle der Fledermauskästen fiel auch auf, dass gegenüber der Sichtung im Frühjahr, die Kotmenge wieder stark zugenommen hatte.
Wichtig ist, dass die Tiere ungehindert aus dem Kasten fliegen können, wenn es den Bedarf gibt. Problematisch wird es, wenn im Kasten die Kotschicht anwächst und letztlich das Einflugloch versperren kann. Außerdem kann es passieren, dass ein Tier am Einflugloch erfriert und dadurch das Einflugloch versperrt. In beiden Fällen kann hierbei die gesamte Kolonie verenden, was bereits mehrfach dokumentiert wurde. In der aktuellen Ausgabe der Mitteilungen für sächsische Säugetierfreunde wird von Steffen Pocha ein Fall geschildert, wo 123 tote Abendsegler aus einem Überwinterungskasten geborgen worden sind. Ursache war ein totes Tier, das den konstruktiv viel zu schmal ausgeführten Eingang versperrt hatte. Zwei weitere Fälle sind aus Sachsen-Anhalt bekannt, bei denen tote Abendsegler aus Kästen geborgen wurden, wo die Kotschicht über der Einflugöffnung lag.
Holzbetonkästen ersetzen niemals natürliche Baumhöhlen mit anderen Eigenschaften der Temperatur und Luftfeuchtigkeit. Die Zersetzung von Fledermauskot bzw. der Abbau von organischem Material findet dort durch Insekten und Baumpilze statt. Auch kann man versuchen, Baumhöhlen aus Stammstücken nachzubauen oder alte Baumhöhlen im aufgehangenem Stammstück wieder anzubieten.
Fledermauskästen an Bäumen aufzuhängen ist wichtig, denn sie sind aktuell die einzige Möglichkeit um verloren gegangene Baumquartiere infolge Fällarbeiten zu ersetzen. Wirklich wichtig und unerlässlich ist die Nachkontrolle und regelmäßige Wartung dieser Kästen. Aus fachlicher Sicht wird klar empfohlen, dass Fledermauskästen, die nicht selbstreinigend sind, jedes Jahr kontrolliert bzw. gewartet werden müssen. Im Rahmen der vielfach durchgeführten Baumfällungen kann dies durch ein Monitoring der Kompensationsmaßnahmen stattfinden. In Regionen mit hohem Aufkommen von Abendseglern ist eine Kontrolle und Reinigung der Kästen im Herbst anzuraten um solche beschriebenen Unfälle zu vermeiden.
Über das ganze Jahr verteilt werden Fledermäuse einzeln aufgefunden. Manche Tiere haben sich einfach nur verflogen, viele andere sind verletzt oder unterernährt.
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